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緣起
新世紀人類面臨的十大挑戰中，能源、水資源與環境分占第一、二、四位，預期這些是未來亟待妥善處理的課題；此外，近年來全球氣候變遷現象日益顯著，衍生地形地貌變遷惡化、海洋、環境生態破壞、淹水災害擴大及加劇水資源匱乏等問題；另方面由於社會及經濟發展，人口增加、生活品質提昇，人們對生活及環境品質的要求不斷提升。
既有的河海工程建設雖然仍運作良好，但在氣候變遷衝擊下原設計功能已逐漸不敷需求，與水海資源相關之災害防治、永續發展願景以及全球氣候變遷因應，使國土保育及水資源永續利用之相關措施成為政府施政重點。隨著資訊與觀測設備進步神速，各種高新技術、新材料及新經理觀念均隨之快速發展。由既有課題的新挑戰，新技術帶來新機會，自然促使水利及海洋工程科技必須多面向的精益求精日益進步。
成功大學水利及海洋工程學系(以下簡稱水利系)之教研團隊歷經六十餘年的研究發展，在教學、研究及服務方面績效卓著，一直是國內水利、海洋與海岸、農業與環境、交通與營建等公私機構之重要諮詢與委託研究對象之一。面對新時代的挑戰，水利系教師在厚實的基礎上，亟思對全球氣候變遷衝擊、能源和水資源利用以及水環境保育等重大議題進行周延的整合研究，期盼對政府及業界能提供新的策略與措施，研發的新科技被有效應用於解決水海災害、減輕環境衝擊、促進生態復育、落實國土規劃及水資源開發與保育等實務問題。
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成立宗旨
針對與大自然水流現象過程相關之水海能源、水資源利用與災害防治，以及水環境保育等三項課題深入研究探討，提供整合性的解決方案。以跨系、跨院及跨校整合研究人才，提供專業諮詢服務，開拓產學及建教合作計畫，研發專利並技術轉移，推廣中心研究教授及研究人員的研發成果，協助水利系在教學、研究上的進展，以達水利系和中心永續經營之目標。
本中心以成功大學水利系之教師、研究員和研究生為基礎，提供產官學研合作平台，廣泛吸納結合相關領域專業研究人員，如環工、資源、農業、資訊、電機、機械及社會、法規等，擴增研發能量、促成高新水科技之研發與推展。
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中心組織架構
經整合成功大學水利系與水科技相關的研究人員，中心經常性執行成員包括：蔡長泰教授、游保杉教授、周乃昉教授、羅偉誠教授、孫建平教授及其研究室所屬各級研究員、助理及博、碩士班研究生等。
中心設主任一人，任期三年，綜理本中心業務。中心主任由參與中心運作之水利系選後向研究總中心主任推薦，由總中心主任簽請成功大學校長聘兼之。第一至五任主任分別由黃清哲教授、游保杉教授、周乃昉教授、羅偉誠教授及孫建平教授擔任，現任主任為陳憲宗教授。
中心設六個科技分組，負責研發及計畫執行，組員包含專、兼任研究人員、技術人員、專、兼任助理等。本中心另聘請諮詢顧問若干人，協助業務推動。